[ Selamat datang di Kimia Cemerlang ] :)

<body><script type="text/javascript"> function setAttributeOnload(object, attribute, val) { if(window.addEventListener) { window.addEventListener('load', function(){ object[attribute] = val; }, false); } else { window.attachEvent('onload', function(){ object[attribute] = val; }); } } </script> <div id="navbar-iframe-container"></div> <script type="text/javascript" src="https://apis.google.com/js/platform.js"></script> <script type="text/javascript"> gapi.load("gapi.iframes:gapi.iframes.style.bubble", function() { if (gapi.iframes && gapi.iframes.getContext) { gapi.iframes.getContext().openChild({ url: 'https://www.blogger.com/navbar.g?targetBlogID\x3d2958737776999423659\x26blogName\x3dKIMIA+CEMERLANG\x26publishMode\x3dPUBLISH_MODE_BLOGSPOT\x26navbarType\x3dBLUE\x26layoutType\x3dCLASSIC\x26searchRoot\x3dhttps://ummuhanifahkimia3.blogspot.com/search\x26blogLocale\x3din\x26v\x3d2\x26homepageUrl\x3dhttp://ummuhanifahkimia3.blogspot.com/\x26vt\x3d-8669104799879042782', where: document.getElementById("navbar-iframe-container"), id: "navbar-iframe", messageHandlersFilter: gapi.iframes.CROSS_ORIGIN_IFRAMES_FILTER, messageHandlers: { 'blogger-ping': function() {} } }); } }); </script>

Kimia Cemerlang!

*Selamat datang semua di Kimia Komputasi Ummu Hanifah!*

* Semoga ilmu yang ada disini bermanfaat bagi kita semua ya! *

Rabu, 21 Desember 2011

Hypercham untuk Kimia Komputasi>

Geometri optimasi dengan HyperChem

Dokumen ini hanya menjelaskan salah satu dari banyak cara di mana Hyperchem mampu mengoptimalkan geometri molekul. Para keterampilan dasar yang dijelaskan dalam Dasar Keterampilan dalam HyperChem akan digunakan. Jika Anda tidak akrab dengan itu, kami sarankan Anda membaca terlebih dahulu.
CATATAN: Jangan hanya menggunakan deskripsi ini untuk sederhana molekul organik (alkana, alkena, alkuna, dan aromatik dari ukuran yang layak, misalnya lupa tentang fullerene!) Batas praktis adalah: 10 non-hidrogen dan 18 hidrogen, Total kurang dari 26 atom.
JANGAN menggunakan deskripsi ini untuk:

Selain sp tunggal inorganics³ hibridisasi sistem, karbokation, Carbanions, Zwitterions, Protein, dan organik rumit lainnya molekul

Optimasi geometri Metode yang digunakan di sini adalah default metode yang diberikan di HyperChem, MM +. Hal ini sangat mudah untuk mengkonfigurasi dan hasilnya tidak terlalu buruk.
Pertama-tama Anda perlu untuk membangun sebuah molekul dalam HyperChem jendela. Anda mungkin impor molekul dengan pergi ke File (Terbuka) submenu. Tugas ini dijelaskan dalam panduan "Dasar Keterampilan dalam HyperChem" yang harus Anda baca sebelum menggunakan panduan ini. Sekarang Anda dapat mulai menggunakan optimasi geometri. Oleh karena itu Anda memilih menu "Setup" di baris atas jendela HyperChem oleh mengkliknya. Pada daftar Anda kemudian pilih "Molecular Mekanika ". Pada jendela" Angkatan Mekanika Molekuler Lapangan "yang muncul kemudian Anda pilih" + MM ". Lalu Anda klik pada tombol "Options .." dan pastikan bahwa di MM jendela + Opsi pengaturan berikut muncul:

Sekarang Anda menutup semua jendela dengan mengklik "OK". Jika jendela lain, meminta Anda "Menghitung kembali jenis atom. Lama jenis akan hilang. Lanjutkan? ", Muncul setelah Anda menutup "Molekul Mekanika Angkatan Lapangan" jendela, cukup klik "OK". Sekarang Anda ditetapkan untuk memulai geometri optimasi. Oleh karena itu Anda pilih menu "Compute " di baris atas jendela HyperChem. Dalam daftar yang Anda klik pada "GOptimasi eometry .. "dan jendela "Molekul Optimasi Mekanika" muncul.

Algoritma default "Polak-Ribiere" tidak perlu menjadi berubah, tetapi Anda bebas untuk memilih algoritma yang lain. Dalam kotak "Pemutusan kondisi" nilai untuk "RMS gradien dari: "diatur ke nilai default nilai. "Siklus maks." Dihitung menurut jumlah atom dalam molekul. Nilai hanya Anda mungkin ingin perubahan "Screen menyegarkan periode". Ini berarti setelah berapa Perhitungan siklus perubahan dalam geometri ditampilkan pada layar. Default adalah 1, artinya setelah setiap siklus baru geometri ditampilkan. Kemudian Anda klik "OK". Sekarang perhitungan aktual dimulai. Anda dapat alamat perhatian Anda sekarang baris terakhir dari jendela HyperChem. Ada kemajuan perhitungan akan ditampilkan. Pertama mencari optimal konfigurasi, maka energi molekul, energi gradien, pesan apakah energi telah berkumpul, dan jumlah siklus dihitung. Garis menu di atas HyperChem jendela perubahan ke abu-abu kecuali untuk menu "Membatalkan". Satu telah untuk dapat membatalkan perhitungan berjalan! Jika energi molekul telah berkumpul maka perhitungannya berhenti, nilai final akan ditampilkan di garis bawah, dan garis menu adalah hitam lagi.
Menentukan parameter geometrik
Anda dapat menggunakan mouse untuk mendapatkan panjang ikatan dan sudut ikatan molekul pada layar. Untuk melakukan itu, Anda klik dengan kiri tombol mouse pada atom awal dan tahan tombol mouse ditekan. Kemudian Anda memindahkan mouse ke atom akhir dalam molekul, kursor mouse menunjukkan garis putih mulai dari atom pertama dan atom akhir dan kemudian Anda melepas mouse tombol. Atom dan obligasi yang pergi dari pertama sampai terakhir atom sekarang dipilih dalam hijau dan parameter geometris yang ditampilkan pada baris bawah dari jendela HyperChem. Anda dapat juga menghitung jarak antara dua atom yang tidak terikat bersama. Pertama Anda harus memastikan bahwa dalam menu "Smemilih "baris" Multiple Seleksi "aktif. Jika tidak ada tanda di sebelah kiri baris ini maka cukup klik di atasnya. Untuk memilih dua atom hanya klik dengan tombol kiri mouse sekali pada setiap atom, mereka ada perubahan penampilan untuk lingkaran hijau dan jarak melalui ruang adalah ditampilkan di baris bawah layar.
Hidrogen Obligasi
HyperChem tahu tentang ikatan hidrogen. Tapi, sangat sulit untuk beruntung untuk mendapatkan ikatan hidrogen ditampilkan! Masalahnya adalah, "HyperChem menciptakan ikatan hidrogen jika jarak antara hidrogen donor dan akseptor atom kurang dari 3,2 Å dan sudut yang dibuat oleh ikatan kovalen dengan atom donor dan akseptor lebih besar dari 150 derajat ", menurut referensi manual. Satu dapat mengubah kriteria tersebut dalam sebuah file pengaturan untuk Hyperchem, tapi saya pikir kita harus memutuskan apakah perubahan ini benar-benar diperlukan.

# posted by Ummu Hanifah at 01.23

西野カナ-たとえどんなに…