[ Selamat datang di Kimia Cemerlang ] :)

<body><script type="text/javascript"> function setAttributeOnload(object, attribute, val) { if(window.addEventListener) { window.addEventListener('load', function(){ object[attribute] = val; }, false); } else { window.attachEvent('onload', function(){ object[attribute] = val; }); } } </script> <div id="navbar-iframe-container"></div> <script type="text/javascript" src="https://apis.google.com/js/platform.js"></script> <script type="text/javascript"> gapi.load("gapi.iframes:gapi.iframes.style.bubble", function() { if (gapi.iframes && gapi.iframes.getContext) { gapi.iframes.getContext().openChild({ url: 'https://www.blogger.com/navbar.g?targetBlogID\x3d2958737776999423659\x26blogName\x3dKIMIA+CEMERLANG\x26publishMode\x3dPUBLISH_MODE_BLOGSPOT\x26navbarType\x3dBLUE\x26layoutType\x3dCLASSIC\x26searchRoot\x3dhttps://ummuhanifahkimia3.blogspot.com/search\x26blogLocale\x3din\x26v\x3d2\x26homepageUrl\x3dhttp://ummuhanifahkimia3.blogspot.com/\x26vt\x3d-8669104799879042782', where: document.getElementById("navbar-iframe-container"), id: "navbar-iframe", messageHandlersFilter: gapi.iframes.CROSS_ORIGIN_IFRAMES_FILTER, messageHandlers: { 'blogger-ping': function() {} } }); } }); </script>

Kimia Cemerlang!

*Selamat datang semua di Kimia Komputasi Ummu Hanifah!*

* Semoga ilmu yang ada disini bermanfaat bagi kita semua ya! *

Senin, 02 Januari 2012

software kimia komputasi>

1. iMol - Molecular Viewer for Mac OS X iMol adalah penampil molekul gratis untuk Mac OS X sistem operasi. iMol dapat memuat molekul menggunakan beberapa format file: PDB, XYZ, MOL2, HIN, CAR, ALC, BIO. Molekul dapat disimpan sebagai file PDB, XYZ atau BIO (BIO file menyimpan semua pengaturan rendering, yaitu warna, pencahayaan, orientasi molekul). iMol dengan mudah dapat menangani kedua molekul kecil dan besar, dapat memuat beberapa molekul, memindahkan dan memutar mereka secara independen. iMol menggunakan grafis OpenGL untuk menampilkan molekul. Molekul dapat diberikan dengan menggunakan berbagai gaya: kabel, poin, Van der Waals bola, bola dan tongkat, untai, pita, kartun, musim semi, tabung, tangga. Atom individu dan / atau residu dapat dipilih menggunakan mouse atau query pilihan sederhana. Ada beberapa skema warna standar yang tersedia (misalnya residuum ketertiban, struktur sekunder, hidrofobik), serta warna kustom. Juga, bahan yang berbeda (misalnya plastik, logam, kaca) dapat digunakan. Beberapa efek render yang tersedia, termasuk rotasi otomatis, gambar blur, gradien latar belakang, perspektif, dan proyeksi stereo (baik sisi-by-side dan merah / biru metode anaglyph). Berbagai parameter render bisa fine-tuned. Atom dan residu bisa dilabeli dengan menggunakan nama dan nomor. Gambar yang diberikan dapat diekspor sebagai bitmap, sebagai file PostScript, atau sebagai file POV-Ray. Program ini dapat meaure jarak, sudut, dan sudut torsi antara atom-atom. Molekul dapat ditumpangkan dan RMSD (Root Mean Deviasi Square) antara atom-atom koordinat dapat dihitung. Ditambahkannya, rantai protein struktural dapat disesuaikan untuk mendeteksi daerah kesamaan struktur yang tinggi. iMol dapat memuat file multimodel PDB dan menampilkan mereka sebagai animasi (misalnya dinamika molekul lintasan). iMol mendukung format film QuickTime untuk rendering animasi. Film-film secara efisien dikompresi untuk aplikasi web. iMol menggunakan OS X Aqua user interface. Pilihan yang berbeda ditempatkan di dalam laci ponsel nyaman. Paket iMol termasuk file beberapa contoh menunjukkan potensi render penuh dan capabilites visualisasi.
2. Jamberoo (formerly JMolEditor):: Cross-pengindeksan istilah: java applet, kimia komputasi, pembangun molekuler; Editor molekuler; gaussian, gamess, mopac, kuning; vasp, gromacs, ADF, tidur siang, QChem, tegukan, VRML, sftp, SSH2, isosurfaces, orbital molekul; kepadatan elektron ; frekuensi, animasi; MD lintasan, mencatat interaktif; elektrostatik potensial; Java3D, generasi gambar; BMP, JPEG, PNG, PovRay; WebStart

Jamberoo (JMolEditor mantan) adalah sebuah program untuk menampilkan, menganalisa, mengedit, mengubah, dan menjiwai sistem molekuler. Ini memiliki antarmuka intuitif dan sistem bantuan inbuilt. Jamberoo dapat digunakan juga untuk analisis untuk menampilkan orbital molekul, kepadatan elektron dan potensi elektrostatik dari Gaussian. Jamberoo ditulis di Jawa, sehingga merupakan aplikasi cross-platform. Persyaratan sistem: Java Virtual Machine (JVM)> = 1,5 dan Java3D> = 1,4. Jamberoo mendukung pengajuan pekerjaan Gaussian ke komputer remote menggunakan protokol SSH2. Hal ini dapat memantau pekerjaan diserahkan dan mengambil file output setelah selesai pekerjaan.
3. MGLTools: Cross-pengindeksan istilah: AutoDock; permukaan, molekul, Python; OpenGL.MGLTools adalah perangkat lunak untuk visualisasi 3D dan analisis struktur molekul. Menggunakan Python dan OpenGL untuk memberikan lintas platform yang molekul penampil interaktif yang cocok untuk menghasilkan publikasi-gambar berkualitas. Deskripsi singkat dari tiga aplikasi utama ditampilkan di bawah

AutoDockTools (ADT)

AutoDockTools adalah grafis front-end untuk mendirikan dan menjalankan AutoDock - sebuah perangkat lunak docking otomatis yang dirancang untuk memprediksi bagaimana molekul kecil, seperti substrat atau calon obat, mengikat ke reseptor struktur 3D yang dikenal.

Python Molecular Viewer (PMV)

PMV adalah penampil molekul kuat yang memiliki sejumlah fitur yang dapat disesuaikan dan dilengkapi dengan perintah pluggable banyak mulai dari permukaan molekul menampilkan untuk menjalankan simulasi dinamika molekular dan perhitungan energi minimalisasi.

Vision

Visi adalah lingkungan pemrograman visual di mana pengguna dapat secara interaktif membangun jaringan menggambarkan kombinasi novel metode komputasi, dan menghasilkan visualisasi baru dari data mereka tanpa benar-benar menulis kode.
Urungkan pengeditan; 4. Molegro Molecular Viewer; Molegro Molekuler Viewer adalah aplikasi lintas-platform gratis untuk visualisasi dan analisis molekul protein-ligan interaksi. Molegro Molekuler Viewer adalah mampu memvisualisasikan paling umum format file molekul (PDB, Mol2, SDF) serta hasil docking dari Molegro Virtual Docker (MVDML).

MMV main user interface.

Sekilas fitur : * Berbagi dan melihat hasil dari Molegro Virtual Docker docking berjalan. * Impor dan ekspor PDB, SDF, Mol2, dan file MVDML. * Otomatis persiapan molekul. * Molekuler permukaan dan visualisasi tulang punggung. * Label, penampil urutan, dan generator biomolecule. * Tanam molekul dan kliping pesawat. * Keselarasan Struktural protein. * Cross-platform: Windows, Linux, dan Mac OS X adalah didukung.; 5. Protein Explorer:

Cross-pengindeksan istilah: konservasi / mutasi, pewarnaan protein 3D dengan dalam "satu klik", protein beberapa urutan keselarasan pewarnaan protein 3D dalam "satu klik"; urutan keselarasan pewarnaan protein 3D dalam "satu klik"; kontak permukaan menunjukkan noncovalent ikatan antara dua gugus dalam satu klik; obligasi noncovalent antara dua gugus, memvisualisasikan dalam satu klik; kation-pi interaksi dalam satu klik; garam jembatan dalam satu klik; visualisasi untuk pemula, visualisasi pemula, visualisasi termudah untuk pemula; bernyawa konformasi perubahan, morphs, ansambel NMR, perubahan konformasi, menghidupkan; protein morphing.
Protein Explorer adalah perangkat lunak bebas untuk memvisualisasikan struktur tiga dimensi protein, DNA, dan makromolekul RNA, dan interaksi mereka dan mengikat ligan, inhibitor, dan obat-obatan. Hal ini bisa dibilang yang paling mudah untuk menggunakan perangkat lunak dari jenisnya. Sangat cocok untuk sekolah tinggi dan mahasiswa (usia 16 tahun dan lebih tua), namun juga banyak digunakan oleh mahasiswa pascasarjana dan peneliti. Lebih lanjut tentang apa Protein Explorer tidak. Protein Explorer membuat kekuatan berpadu diakses, menawarkan fitur yang luas baik untuk pemula dan fitur-fitur canggih untuk spesialis struktur protein. Jauh lebih mudah untuk menggunakan, dan jauh lebih kuat daripada RasMol. Ekstensif built-dalam konteks-sensitif bantuan, QuickTour, Tutorial. Untuk rincian, lihat Snapshots Explorer Protein dalam Aksi, dan Explorer Protein untuk Siswa / Explorer Protein, Advanced.; reference*http://www.pirx.com/iMol
               *http://sf.anu.edu.au/%7Evvv900/cct/appl/jmoleditor/index.htaml
               *http://mgltools.scripps.edu/
               *http://www.molegro.com/mmv-product.php
               *http://www.proteinexplorer.org/

# posted by Ummu Hanifah at 23.36

西野カナ-たとえどんなに…

	AutoDockTools (ADT) AutoDockTools adalah grafis front-end untuk mendirikan dan menjalankan AutoDock - sebuah perangkat lunak docking otomatis yang dirancang untuk memprediksi bagaimana molekul kecil, seperti substrat atau calon obat, mengikat ke reseptor struktur 3D yang dikenal.
	Python Molecular Viewer (PMV) PMV adalah penampil molekul kuat yang memiliki sejumlah fitur yang dapat disesuaikan dan dilengkapi dengan perintah pluggable banyak mulai dari permukaan molekul menampilkan untuk menjalankan simulasi dinamika molekular dan perhitungan energi minimalisasi.
	Vision Visi adalah lingkungan pemrograman visual di mana pengguna dapat secara interaktif membangun jaringan menggambarkan kombinasi novel metode komputasi, dan menghasilkan visualisasi baru dari data mereka tanpa benar-benar menulis kode. Urungkan pengeditan